Offre de thèse – Produits naturels de défense des bactéries associées aux fourmis de Guyane
– UMR EcoFoG (Ecologie des Forêts de Guyane) à l’Institut Pasteur de Cayenne, France
– Field Museum of Natural History à Chicago, USA
Titre de la thèse
Produits naturels de défense des bactéries associées aux fourmis de Guyane : étude des facteurs
impactant la diversité des gènes de biosynthèse des cyclodipeptides et des peptides non-ribosomiques
Sujet de thèse
Le sujet de thèse proposé s’intéresse aux molécules biologiquement actives synthétisées par les
bactéries symbiotiques des fourmis en Guyane. L’objectif est de découvrir des nouvelles
transformations chimiques dans la biosynthèse de métabolites d’intérêt pharmacologique en
combinant des approches en écologie des communautés, en biologie moléculaire, en bio-informatique
et en chimie des produits naturels. Nous ciblons deux grandes classes de métabolites connus pour
leurs excellentes activités biologiques, les cyclodipeptides (Jacques, 2016) et les peptides nonribosomiques
(Charlop-Powers, 2016 ; Chu, 2016), dont plusieurs structures sont actuellement
prescrites en médecine.
Pour ce faire différentes espèces de fourmis phylogénétiquement différentes, aux régimes
alimentaires et aux habitats contrastés, et nous chercherons dans ces échantillons les gènes bactériens
codant pour les familles de molécules ciblées. La diversité des gènes de biosynthèse sera ébaluer et
leurs séquences seront comparés à celles des bases de données (Reddy, 2014) (eSNaPD,
AntiSMASH). Enfin nous proposerons les modifications chimiques dans la structure des
cyclodipeptides et des peptides non-ribosomiques correspondant aux nouvelles séquences identifiées.
L’intérêt de cette thèse est (i) d’évaluer le potentiel pharmacologique des molécules de défense
produites par des bactéries symbiotiques des fourmis de Guyane et (ii) de comprendre quels sont les
facteurs écologiques qui structurent les stratégies de défense au sein des interactions fourmisbactéries
dans les forêts d’Amazonie.
Ce travail de thèse en écologie, biologie moléculaire et bio-informatique comportera plusieurs étapes :
(i) collecte sur le terrain dans différentes zones géographiques de Guyane,
(ii) extraction des séquences d’ADN bactérien codant pour la biosynthèse des cyclodipeptides et des
peptides non-ribosomiques à l’aide de primers dégénérés,
(iii) analyse des données de séquençage haut-débit pour générer les phylogénies des séquences
obtenues, identifier les séquences connues et réaliser des analyses de corrélation entre la diversité des
séquences et les facteurs écologiques.
Directeur de thèse
Christophe Duplais (christophe.duplais@ecofog.gf), CR1 CNRS (HDR)-UMR EcoFoG
Site internet : http://www.ecofog.gf
Co-Directrice de thèse
Corrie Moreau (cmoreau@fieldmuseum.org), Associate Professor au Field Museum of Natural
History et à University of Chicago, Illinois, USA
Site internet : http://moreaulab.org/